Счетчики купюр бываю разные, но новые купюры, как правило, не считают аппараты дорогие, с определением номинала, с серьезной детекцией. Для простых аппаратов, не определяющих номинал, нет разницы какие будут купюры.
То есть это не является неисправностью.